11 PDF - W. Xie , R. L. Mills, W. Good, A. Makwana, B. Holverstott, and N. Hogle, MILLSIAN 2.0: A molecular modeling software for structures, charge distributions, and energetics of biomolecules

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Volume 24: Pages 200-212, 2011

MILLSIAN 2.0: A molecular modeling software for structures, charge distributions, and energetics of biomolecules

W. Xie , R. L. Mills a, W.Good , A. Makwana , B. Holverstott , and N. Hogle

Millsian, Inc., 493 Old Trenton Road, Cranbury, New Jersey 08512, USA

In this paper, we describe the implementation and test cases for a new molecular modeling software package, called millsian 2.0, designed for modeling the three-dimensional structures, charge distribution, and energetics of biomolecules of pharmaceutical interests. millsian's predictions of molecular properties are based on the solved parameters (i.e., bonds, angles, dihedral angles, and charge distributions) from classical physics principles of Mills' work. Charge distribution on the spheroidal molecular orbital is directly transferable in the functional groups. Similar to the implementation of force fields, an atom typing scheme is employed to facilitate the recognition of the functional groups previously solved from classical physics by Mills (The Grand Unified Theory of Classical Physics, available at http://blacklightpower.com/theory/book.shtml). The implementation of millsian 2.0 is extensively tested against the available experimental data. Remarkable agreement between millsian predictions and experiments has been observed.

Dans cet article nous décrivons l'exécution et les essais d'un nouveau progiciel de modélisation moléculaire intitulé millsian 2.0 élaboré pour la modélisation des structures 3D, la distribution de charges et les énergétiques biomoléculaires d'intérêt pharmaceutique. Les prédictions de Millsian sur les propriétés moléculaires sont basées sur les paramètres résolus (par ex. les liaisons, les angles, les angles dihedrales et les distributions des charges) des principes de physique classique du travail de Mills. La distribution des charges sur l'orbital moléculaire sphéroïdal est directement transférable dans les groupes fonctionnels. Semblablement à l'exécution des champs de force, un schéma de modèle atomique est employé pour faciliter la reconnaissance des groupes fonctionnels précédemment résolus à partir de la physique classique de Mills. L'exécution de millsian 2.0 est testée largement contre les données expérimentales disponibles. Une concordance remarquable des prévisions de Millsian et les expérimentations a été observée.

Keywords: Molecular Modeling, Molecular Structure, Classical Physics, Dipole Moment, Bond Moment, Electron Density

Received: January 12, 2011; Accepted: February 24, 2011; Published Online: March 24, 2011

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